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CompBioBench item

extract-rna-secondary-structure-q1

Question

Using the ViennaRNA package, determine the minimum free energy secondary structure for the human 5S ribosomal RNA (RNAcentral accession URS0000668495). Output must use dot-bracket notation. After the structure also output the free energy up to two decimal places in kcal/mol units. Use comma (no spaces) to separate the structure and the free energy.

Predicted answer
......(((....(((((.((....((((.(((((((((((((((((.........)))))))))).))))))....).))))...)).))))).....)))......(((..((((((((....)))))))).)))....,-50.20Most likely answer for this question; not uniquely determined from submitted scores.
Domain
Transcriptomics
Question style
Routine Analysis

An answer can be uniquely inferred for 54 of 100 questions from submitted scores. Green: correct · Red: incorrect. For questions without a uniquely determined answer: Blue: matches prediction · Orange: differs from prediction. These are inferred answer checks, not official per-question grades.

Galaxy

12/12 terminal item results

UDT = user-defined tool: custom code executed by Galaxy. Route badges summarize analysis tools, excluding uploads and automatic conversions. How usage is counted.

Codex GPT-5.5

3 replicates
Codex GPT-5.5

Replicate 1

Matches predictionUDT-only
Answer......(((....(((((.((....((((.(((((((((((((((((.........)))))))))).))))))....).))))...)).))))).....)))......(((..((((((((....)))))))).)))....,-50.20
Workflow
Upload1RNAfold MFE Extract
Galaxy historyAgent trace
Codex GPT-5.5

Replicate 2

RerunMatches predictionUDT-only
Answer......(((....(((((.((....((((.(((((((((((((((((.........)))))))))).))))))....).))))...)).))))).....)))......(((..((((((((....)))))))).)))....,-50.20
Workflow
RNAfold URS0000668495 MFE
Total tokens
456.0K
Output
4.1K
Galaxy historyAgent trace
Codex GPT-5.5

Replicate 3

Matches predictionUDT + standard tools
Answer......(((....(((((.((....((((.(((((((((((((((((.........)))))))))).))))))....).))))...)).))))).....)))......(((..((((((((....)))))))).)))....,-50.20
Workflow
ViennaRNA RNAfold MFE URS0000668495ViennaRNA RNAfold MFE URS0000668495 v2UDT Path Probe URS0000668495UDT Path Probe URS0000668495 v2UDT Fixed Output Probe URS0000668495
Total tokens
1.3M
Output
12.7K
Galaxy historyAgent trace

Codex GPT-5.6 Sol

3 replicates
Codex GPT-5.6 Sol

Replicate 1

Matches predictionUDT-only
Answer......(((....(((((.((....((((.(((((((((((((((((.........)))))))))).))))))....).))))...)).))))).....)))......(((..((((((((....)))))))).)))....,-50.20
Workflow
RNAcentral ViennaRNA MFEValidate RNAfold Answer
Total tokens
803.1K
Output
7.1K
Galaxy historyAgent trace
Codex GPT-5.6 Sol

Replicate 2

Matches predictionUDT-only
Answer......(((....(((((.((....((((.(((((((((((((((((.........)))))))))).))))))....).))))...)).))))).....)))......(((..((((((((....)))))))).)))....,-50.20
Workflow
ViennaRNA RNAfold MFE for URS0000668495
Total tokens
686.3K
Output
4.3K
Galaxy historyAgent trace
Codex GPT-5.6 Sol

Replicate 3

Matches predictionUDT + standard tools
Answer......(((....(((((.((....((((.(((((((((((((((((.........)))))))))).))))))....).))))...)).))))).....)))......(((..((((((((....)))))))).)))....,-50.20
Workflow
Fasta Compute LengthViennaRNA RNAfold MFE for URS0000668495Validate and format ViennaRNA MFE for URS0000668495
Total tokens
1.1M
Output
7.3K
Galaxy historyAgent trace

Codex + DeepSeek-v4-pro-0813

3 replicates
Codex + DeepSeek-v4-pro-0813

Replicate 1

Matches predictionUDT-only
Answer......(((....(((((.((....((((.(((((((((((((((((.........)))))))))).))))))....).))))...)).))))).....)))......(((..((((((((....)))))))).)))....,-50.20
Workflow
ViennaRNA RNAfold
Total tokens
418.3K
Output
5.9K
Galaxy historyAgent trace
Codex + DeepSeek-v4-pro-0813

Replicate 2

Matches predictionUDT + standard tools
Answer......(((....(((((.((....((((.(((((((((((((((((.........)))))))))).))))))....).))))...)).))))).....)))......(((..((((((((....)))))))).)))....,-50.20
Workflow
Predict PipelineRNAfold MFE
Total tokens
1.3M
Output
9.8K
Galaxy historyAgent trace
Codex + DeepSeek-v4-pro-0813

Replicate 3

Matches predictionUDT-only
Answer......(((....(((((.((....((((.(((((((((((((((((.........)))))))))).))))))....).))))...)).))))).....)))......(((..((((((((....)))))))).)))....,-50.20
Workflow
RNAfold MFE
Total tokens
761.1K
Output
12.6K
Galaxy historyAgent trace

Codex GPT-5.6 Luna

3 replicates
Codex GPT-5.6 Luna

Replicate 1

Matches predictionUDT + standard tools
Answer......(((....(((((.((....((((.(((((((((((((((((.........)))))))))).))))))....).))))...)).))))).....)))......(((..((((((((....)))))))).)))....,-50.20
Workflow
Predict PipelineViennaRNA RNAfold MFEUDT Render ProbeUDT Resource Probe
Total tokens
28.9M
Output
82.7K
Galaxy historyAgent trace
Codex GPT-5.6 Luna

Replicate 2

Matches predictionUDT + standard tools
Answer......(((....(((((.((....((((.(((((((((((((((((.........)))))))))).))))))....).))))...)).))))).....)))......(((..((((((((....)))))))).)))....,-50.20
Workflow
Regex1Tp Sed ToolTp Grep ToolPredict PipelineViennaRNA runtime probe1 more tools
Total tokens
10.2M
Output
30.8K
Galaxy historyAgent trace
Codex GPT-5.6 Luna

Replicate 3

Matches predictionUDT + standard tools
Answer......(((....(((((.((....((((.(((((((((((((((((.........)))))))))).))))))....).))))...)).))))).....)))......(((..((((((((....)))))))).)))....,-50.20
Workflow
Predict PipelineViennaRNA RNAfold MFE
Total tokens
830.1K
Output
11.6K
Galaxy historyAgent trace

Anycode

13/13 terminal item results

Codex GPT-5.5

3 replicates
Codex GPT-5.5

Replicate 1

Matches prediction
Answer......(((....(((((.((....((((.(((((((((((((((((.........)))))))))).))))))....).))))...)).))))).....)))......(((..((((((((....)))))))).)))....,-50.20
Workflow
Local codePython
Agent trace
Codex GPT-5.5

Replicate 2

Matches prediction
Answer......(((....(((((.((....((((.(((((((((((((((((.........)))))))))).))))))....).))))...)).))))).....)))......(((..((((((((....)))))))).)))....,-50.20
Workflow
Local codePython
Agent trace
Codex GPT-5.5

Replicate 3

Matches prediction
Answer......(((....(((((.((....((((.(((((((((((((((((.........)))))))))).))))))....).))))...)).))))).....)))......(((..((((((((....)))))))).)))....,-50.20
Workflow
Local codePython
Agent trace

Codex GPT-5.6 Sol

3 replicates
Codex GPT-5.6 Sol

Replicate 1

Matches prediction
Answer......(((....(((((.((....((((.(((((((((((((((((.........)))))))))).))))))....).))))...)).))))).....)))......(((..((((((((....)))))))).)))....,-50.20
Workflow
Local codePython
Agent trace
Codex GPT-5.6 Sol

Replicate 2

Matches prediction
Answer......(((....(((((.((....((((.(((((((((((((((((.........)))))))))).))))))....).))))...)).))))).....)))......(((..((((((((....)))))))).)))....,-50.20
Workflow
Local codePython
Agent trace
Codex GPT-5.6 Sol

Replicate 3

Matches prediction
Answer......(((....(((((.((....((((.(((((((((((((((((.........)))))))))).))))))....).))))...)).))))).....)))......(((..((((((((....)))))))).)))....,-50.20
Workflow
Local codePython
Agent trace

Codex + DeepSeek-v4-pro-0813

3 replicates
Codex + DeepSeek-v4-pro-0813

Replicate 1

Matches prediction
Answer......(((....(((((.((....((((.(((((((((((((((((.........)))))))))).))))))....).))))...)).))))).....)))......(((..((((((((....)))))))).)))....,-50.20
Workflow
Local codePython
Total tokens
222.1K
Output
3.8K
Agent trace
Codex + DeepSeek-v4-pro-0813

Replicate 2

Matches prediction
Answer......(((....(((((.((....((((.(((((((((((((((((.........)))))))))).))))))....).))))...)).))))).....)))......(((..((((((((....)))))))).)))....,-50.20
Workflow
Local codePython
Total tokens
129.4K
Output
3.0K
Agent trace
Codex + DeepSeek-v4-pro-0813

Replicate 3

Matches prediction
Answer......(((....(((((.((....((((.(((((((((((((((((.........)))))))))).))))))....).))))...)).))))).....)))......(((..((((((((....)))))))).)))....,-50.20
Workflow
Local codePython
Total tokens
259.1K
Output
7.5K
Agent trace

Codex GPT-5.6 Luna

3 replicates
Codex GPT-5.6 Luna

Replicate 1

Matches prediction
Answer......(((....(((((.((....((((.(((((((((((((((((.........)))))))))).))))))....).))))...)).))))).....)))......(((..((((((((....)))))))).)))....,-50.20
Workflow
Local codePython
Agent trace
Codex GPT-5.6 Luna

Replicate 2

Matches prediction
Answer......(((....(((((.((....((((.(((((((((((((((((.........)))))))))).))))))....).))))...)).))))).....)))......(((..((((((((....)))))))).)))....,-50.20
Workflow
Local codePython
Agent trace
Codex GPT-5.6 Luna

Replicate 3

Matches prediction
Answer......(((....(((((.((....((((.(((((((((((((((((.........)))))))))).))))))....).))))...)).))))).....)))......(((..((((((((....)))))))).)))....,-50.20
Workflow
Local codePython
Agent trace

Codex GPT-6 Astra

1 replicate
Codex GPT-6 Astra

Replicate 1

Differs from prediction
Answer......(((....(((((.((....((((.(((((((((((((((((.........)))))))))).))))))....).))))...)).))))).....)))......(((..((((((((....)))))))).)))....,-50.20 kcal/mol
Workflow
Local codePython
Total tokens
59.7K
Output
581
Agent trace